辛亥革命推翻了統治中國兩千年的君主專制制度，傳播了民主共和理念，推動了中華民族思想解放。新的時代開啟，需要一些弄潮兒來推動，蔡元培、王培孫就是辛亥革命前期實施教育救國的杰出代表。
1898年，維新變法失敗。同情維新變法的蔡元培棄官從教，回到家鄉紹興。同年，支持維新變法的王培孫因為學潮不再就讀南洋公學師范班，也不再擔任下院教習。10月27日，蔡元培日記書“徐丈函示《上海王氏育才（材）書塾章程》”，說明他在這之前已經知道南洋中學（時稱上海王氏育材書塾）、並認真閱讀過此章程。《上海王氏育材書塾章程》是目前發現最早的中國人辦新式學校的章程，當時為浙江官府刊印推廣，《新知報》全文刊載。而當時蔡元培在紹興任中西學堂監督，“服務於新式學校的開始”，正需要一些借鑒，此章程不可不讀。
1900年，王培孫正式掌管南洋中學（時稱育材書塾）校務。並與依然在南洋公學下院任代理學長（代校長）的師范班同學吳稚暉以及南洋公學師范生鈕永建繼續來往、交流教育心得。是年，曾經在南洋公學下院就讀過的范源濂（著名教育家、北京師范大學首任校長）和蔡鍔（杰出軍事家）參加自立軍起義失敗，逃到上海，王培孫提供盤纏，掩護其出境日本。同年，蔡元培因支持紹興中西學堂新派，遭到堂董（學校的出資人）的干涉，憤而辭職。后經多方調解、堂董極力挽留而勉強留任。是年，其發妻病逝，蔡元培在“征婚啟事”中提出：第一，對方不纏足﹔第二，對方應識字讀書、通文墨﹔第三，一夫一妻，自己不娶妾﹔第四，丈夫先死，妻子可以改嫁﹔第五，夫妻意見不合可以離婚。這種新式做派在當時引起極大轟動。
1901年，按盛宣懷之意，南洋公學開辦特班，學生“所取必須品學合格，為將來造就楨干大才之用”，“但望學成之后，能如曾、李二星。” 至於教師的挑選也更為嚴格。9月，34歲翰林出身蔡元培被聘為南洋公學經濟特科班（特班）總教習。同年，王培孫改校名為“育材學堂”，引進王引才、夏頌來、陳景韓等名師任教，開始自編教材授課。
1902年，南洋公學發生“墨水瓶事件”。蔡元培堅定地站在了學生們的一邊，與吳稚暉等人一起創辦了愛國學社。蔡元培為學校總理，吳稚暉為學監，黃炎培（特班學生）、蔣智由、蔣維喬等為義務教員。學社以灌輸民主主義思想為自己的任務，重精神教育。此前“自立軍起義”領導人唐才常犧牲后，其老父攜幼孫走訪學社，當時多數學員僅表示同情﹔至於孫中山之名更是鮮有耳聞。但在蔡元培等人的指引下，大家開始關注政治，逐漸“倡言革命已勝於求學”。特班的不少同學跟隨蔡元培來到愛國學社，中院的一些學生如任連成則去了南洋中學。特班學生、愛國學社成員的邵力子在后來的日子還做過南洋中學的教師，則是后話。
1903年，南洋中學和愛國學社時有互動，在泥城橋畔曾舉行聯合運動會。愛國學社還多次召集各界愛國人士在張園集會，反對沙俄侵佔東北，蔡元培、吳稚暉與時任南洋中學教師的馬君武等人都是其中最受歡迎的演講者。此時張繼、鄒容從日本回到上海，參加愛國學社。不久，鈕永建以“日本留學生組織的義勇軍特派員”的身份和湯爾和一起回國，住在南洋中學，多次參加張園集會。集會中，鄒容、鈕永建都產生了把全中國愛國學生聯合起來的沖動，不約而同地在張園集會上提出建立“學生同盟會”的主張，在這一點上王培孫是積極支持的。不久，王培孫陪同鈕永建、湯爾和前往天津北洋大營求見袁世凱，請袁世凱出兵拒俄，被拒絕。王培孫回上海，與人說“袁世凱是革命黨人一勁敵也”。同年，“蘇報案”發，愛國學社亦受到牽連，被迫解散。其中葉楚傖（南社詩人、政治活動家）等進入南洋中學就讀。他曾回憶道：“遜清之季，海內有志青年，無不知有愛國學社。與之伯仲海上名實並茂者，厥為吾母校南洋中學。而風紀之嚴肅，學科之修整，則愛國學社有所不及焉。”
1904年，蔡元培在上海組織建立了光復會。同年，王培孫因出自南洋公學師范班，“君子不忘本”，將育材學堂定名為“南洋中學”。隔年，同盟會成立，光復會並入，孫中山委任蔡元培為同盟會上海分會負責人。不久后，王培孫赴日本考察，加入同盟會。歸來后，又參考上海各教會學校，形成符合中國國情的學制。
再以后的日子，蔡元培、王培孫開始專心走教育救國的路子。一位留學德國，專心學問，編著了《中國倫理學史》等一批學術書籍。一位專心學務，在日暉港畔建設完成充滿西式風格“基地宏敞，建筑合法”的南洋中學新校舍，“講堂、宿舍、運動場等支配適當”。成果斐然，以考取第二期庚款留美生（1910年）為例，曾經在南洋中學就讀過的高達11人，佔全部70人中的16%之多。
1911年，辛亥革命爆發。曾經在愛國學社就讀的學生多成革命戰士。百余名南洋中學學生也在歸國的鈕永建和教師王引才帶領下參加革命行動。一個嶄新的時代誕生了。
其后的蔡元培、王培孫都依然不忘初心，堅持理想。但兩人方式不同，一位是不斷地辭職，“在個人理想與社會現實無法調和時，辭職成了他的利器。”翻看蔡元培日記與年譜，1928、1929那幾年，蔡元培幾乎月月在寫辭職信：請辭國民政府大學院院長，請辭代理司法部長，堅辭國民政府監察院院長，堅辭中央政治會議委員，堅辭國民政府委員……一位是堅守南洋中學，鈕永建相邀蘇州首任縣長不去，袁觀瀾相邀教育部次長不去……培孫先生一生隻辦好一所學校，任職校長長達52年。
惺惺相惜。后來，蔡元培為南洋中學提過兩幅字。一為1931年的“日知其所亡，月無忘其所能，可謂好學也已”﹔再為8年之后的“好學力行”。2014年，位於徐匯濱江的南洋中學整體改擴建完成，新校園圖標採用蔡元培的手跡，一草一木都有故事，一磚一瓦皆是文章，一派欣欣向榮之象。2016年6月，時任教育部副部長郝平（現任北京大學黨委書記）參觀學校后說：“今天不虛此行，南洋中學確實歷史文化深厚。我曾經工作過的北大也是文化底蘊深厚，1898年建校，南洋中學比她還早了兩年，1896年就建校了。當時正好是戊戌變法的前期，准備推動變革，南洋中學就是這一時期的國人自主圖強的產物。今天，看了南洋中學的校園，有一種耳目一新、非常親切的感覺。校園文化底蘊深厚，是中國現代教育史的一個寫照、一個縮影。看了學校校史牆、校訓，我本人也很受鼓舞、感染和教育，我為南洋這個學校感到自豪和驕傲，同學們在這裡讀書一定也感到很自豪、很驕傲。在此，代表教育部向南洋中學工作在第一線的教師們表示致敬和感謝﹔同時也希望學校能夠把中國的高中教育、中小學教育帶動起來，起到引領作用。”
正如熊月之先生所言，“老先生倘地下有知，重回南中走走，一定會喟然而嘆：后生可畏，吾道不孤也!”
