1911年12月中旬,黄兴被各省代表会议推举为大元帅,但黄兴坚持应由孙中山来担任大元帅。在革命过程中,黄兴始终坚持孙中山的领导地位,甘当配角。1912年1月,南京临时政府成立后,黄兴被任命为陆军总长兼参谋总长。4月,黄兴被委为南京留守,6月,辞去南京留守一职。
1913年7月底,南京讨袁战事失利,黄兴由上海避走香港,后去往日本。为促进党内团结,一致讨袁,黄兴于1914年6月底前往美国等地。在此期间,黄兴多次致函革命者,敦促兴师讨袁。
1916年7月8日,在国内各界邀请下,黄兴归国抵上海。但由于积劳成疾,他于10月31日病逝于上海,时年42岁,1917年4月15日,国葬于长沙岳麓山。
在这位辛亥革命元勋逝世百余年后,黄兴的家乡已经站在了新的发展起点上。被浏阳河三面环抱的黄兴镇,文化底蕴深厚,人文资源丰富,自然风光秀美,区位优势明显,是长沙经济发展和城市建设的前沿阵地,如今正着力打造“黄兴现代市场群”“黄兴文化产业园”“高铁会展经济区”“汽车及配套产业走廊”四个特色板块。